空袭发生后，阿富汗塔利班方面迅速作出反应，塔利班武装宣称美国的袭击是“对国际法的粗暴践踏”。
塔利班最高领导人乌马尔称这次空袭是“厚颜无耻的行径”，认为它“不但是对本·拉登本人的攻击，也是对阿富汗人民的侵犯”，他还重申塔利班不会将拉登引渡给美国当局。
塔利班外交部长在喀布尔发言说：“美国对所谓恐怖主义营地的袭击并不能吓倒我们，我们是强大的穆斯林国家。”
空袭的第二天，苏丹总统巴希尔主持召开部长会议，讨论了对付美国空袭的措施。
巴希尔总统声讨美国说：“这是恐怖主义行径，是对穆斯林和阿拉伯人民的侵略。”
“我们要克林顿血债血偿。”
苏丹政府发言人、苏丹文化与新闻部长萨拉丁在会后公布的新闻公报中宣布，苏丹政府决定立即撤回苏丹驻美国大使馆的全体外交官员，同时向有关国际组织和机构紧急起诉美国的侵略行径，以求获得世界各国人民的支持。
萨拉丁说，为保卫苏丹的民族安全，苏丹的航空机构将采取措施，禁止美国飞机飞越苏丹领空。苏丹国民大会、议会、武装部队司令部、外交部纷纷发表声明或公报，谴责美国以打击恐怖活动为由空袭喀土穆。
萨拉丁说，美国炸毁的工厂是一家专门生产民用药品的工厂。萨拉丁在谈话中指出，美国对苏丹的民用设施发动突然袭击的野蛮行径表明，华盛顿急于转移最近国内外对克林顿总统绯闻案的视线。
苏丹政府宣布，苏丹将采取一切政治和法律的措施，回击美国的侵略行为；并要求联合国安理会成立一个调查委员会，对遭到美国空袭的苏丹“希法”制药厂进行调查。如果联合国对美国空袭苏丹首都一事束手无策，苏丹必将对美国的这种挑衅进行报复。
位于苏丹首都喀土穆北部工业区的“希法”（意为“康复”）制药厂是闻名全苏丹和东非地区的大企业。但8月20日的美导弹的轰炸使这个占地2100平方米的大药厂变成了烟火弥漫的废墟和瓦砾。据苏丹政府21日宣布，野蛮的轰炸持续了12分钟，至少造成5人死亡，几十人受伤，300多人下落不明。
美国指控这家制药厂系内罗毕和达累斯萨拉姆两起爆炸案的幕后人物本·拉登所资助，并为拉登领导的极端组织生产用于恐怖活动的化学武器。美国方面声称，“希法”制药厂“为恐怖分子生产毒气”。
但据制药厂经理赛义德介绍，在遭到爆炸后，该厂一座3层楼的车间顷刻化为一片废墟。他说，这家制药厂是两年前建成的）共有306名工人，生产53种常用药物，“与任何化学武器无关”。初步估计，美国的轰炸给这家非洲最大的制药厂已遭受了1亿美元的经济损失。
据苏丹公布的材料说，被炸的“希法”制药厂是去年7月建成的，造价为3200万美元，是苏丹私人投资兴建的，总部设在内罗毕的东非优惠贸易银行提供了600万美元的贷款。据这家药厂的法律顾问、苏丹著名的反对派人士苏莱曼介绍，药厂主要生产治疗儿童疾病的药物。60％的产品在苏丹内销，40％的产品出口。
根据联合国与伊拉克达成的石油换食品和药品的协议，该厂的药品主要向伊拉克、也门、乍得和尼日利亚出口。曾经指导过药厂建筑和机械安装的约旦工程师萨利姆日前在安曼举行了一个记者招待会。他透露说，“希法”药厂的机械设备安装蓝图是在约旦设计的，安装设备和基础设施都是由约旦工程师指导施工的，因为该厂最先属于一个约旦医药公司的代理人哈桑·巴希尔。后来药厂易主，被苏丹人萨拉赫·艾德里斯买走。萨利姆证实，药厂的产品是药品，而非生化武器。
但美国情报机构坚持说这家制药厂是制造生化武器的工厂。而且除此之外，拉登与苏丹还有另外的联系。
拉登曾参与了苏丹的一系列商业行动。他在苏丹的项目包括农业、制造业和基础建设。多年来，拉登居住在卡托姆一个由地方保安人员保护的住宅里，同时他还打算让“阿富汗老战士”也到苏丹来。此外，拉登与苏丹国家穆斯林阵线的首领关系密切。拉登与富有的nif成员合作在苏丹进行了大量基础建设，许多都是为苏丹政府建造的。拉登还拥有几家盈利的公司，他的一家公司曾建造了苏丹港的新机场和一条1200公里的连接苏丹港和卡托姆的高速公路。拉登还在卡托姆投资5000万美元与当地一家企业合资成立了一家进出口公司。
8月21日，愤怒的苏丹穆斯林群众在做完礼拜后涌向街头，抗议美国的侵略行为，他们抨击美国出动战斗机轰炸喀上穆是“公然的恐怖行为”。
大批苏丹人聚集到制药厂的废墟前高呼反美口号。他们表示，从现场满布着的药品瓶罐可以证明，这家药厂只生产药品，而不是美国所宣称的神经瓦斯。苏丹民众谴责美国的暴行，并表示这家药厂和恐怖分子本·拉登并没有关联。
当晚，喀土穆爆发了“反美大进军”的抗议示威，他们来到早已撤空了的美国驻苏丹大使馆门前，高喊着最解气的反美口号。一些愤怒的苏丹青年翻越高栏跳进使馆院内，扯下并焚烧了美国国旗，还捣毁了其他一些馆内设施，苏丹电视台对这一活动从头至尾进行了现场直播。
阿富汗邻国巴基斯坦的民众，也在首都伊斯兰堡举行了大规模的反美示威。愤怒的群众撕毁了一个象征美国总统克林顿的布偶，也焚毁了美国国旗。
巴基斯坦官方也发表声明，谴责美国的行为。在东非的美国大使馆爆炸案中，巴基斯坦当局曾经协助美国，逮捕到一名嫌疑犯，不过在这次事件之后，巴基斯坦官方是否会继续和美国合作仍有待观察。
巴基斯坦外交部长表示：“巴基斯坦政府对美国向阿富汗和苏丹发动袭击表示强烈义愤。”巴基斯坦对美国空袭的普遍反应是异口同声的谴责。一位宗教领袖宣称，美国袭击拉登的基地是犯了一个极大的错误，“是阴谋反对整个穆斯林世界”。
另一位宗教领袖则警告说：“我们决不宽恕美国。这是美国的自杀行为。我们肯定会反抗。”
巴基斯坦年轻人聚集在街上示威。愤怒的人们也指责，巴基斯但政府允许美国在巴基斯坦的土地上发动攻击，是对美国变相的支持。
人们还指责政府把欧登交给了美国。
在巴基斯坦有相当一部分人支持塔利班，并把拉登视为伊斯兰英雄。
在巴基斯但的美国大使馆和美国的建筑被荒置，因为里面的人员在星期三全都撤走了。nbc新闻报道说，美国大使馆汽车上的外交牌号已被偷偷换成不易被识别的标志。
总而言之，美国的空袭在巴基斯坦激起了不小的反响。起先有消息说，有一枚美国导弹落在巴境内炸响，造成6人死亡。巴外交部曾就此发表正式声明，但不久又以“事实有误”为由撤回了这份声明。巴情报局一位高官和西北边境省首席秘书还为此丢了“乌纱帽”，罪名是“误报情况”。
但有人认为，他们丢官的真正原由正是因为披露了实情。美国的导弹竟然落到了巴基斯坦境内，有人怀疑美国与巴基斯坦政府有“交易”。
不少人向巴当局发问，美国导弹是否飞经了巴领空？
如果这样的话，就将构成对巴主权和领空的侵犯。巴官方则回答说，由于美国巡航导弹的飞行高度太低，才100米上下，巴雷达难以发现，存在技术上的监控难度。
同时，巴当局一再表示，没有而且今后也不会为美国空袭阿富汗提供便利。
但当地媒体对此置疑：前一阵子印、巴关系紧张时，巴当局向民众担保“防御系统完好”，现在又说有“技术难度”，这究竟是怎么回事？到底是防御系统不可靠，还是默许美国导弹从巴飞过？
不少人怀疑政府与美国有过“交易”。
8月22日，巴基斯坦椑路支省地方当局在其境内发现了一枚尚未爆炸、带有美国制造标记的巡航导弹。此事已得到证实，这意味着美国导弹确实从巴领空飞过，问题变得复杂了。
与其他阿拉伯国家不同，埃及政府则表示，对阿拉伯世界的动荡十分担忧，埃及本身就是伊斯兰恐怖主义攻击的目标。虽然埃及政府尽量小心不让自己显得在支持美国，但他们并没有对美国的行为作出真正的谴责。许多人担忧美国对阿拉伯世界造成的冲击，会造成公众意见两极分化更加严重并影响和平进程。
哈马斯对美国空袭的谴责最为激烈。空袭的第二天，哈马斯就在公开网络上发表一篇措辞强烈的声明。声明表明了对美国导弹袭击阿富汗的拉登基地和苏丹的“希法”制药厂的愤怒。
声明写道：
“以真主的名义。如果不忠者以欺骗手段企图杀害或驱逐你，真主会将他诱捕。
“伊斯兰抵抗运动哈马斯强烈谴责美国对苏丹和阿富汗的侵略，这次侵略再次表明了美国对阿拉伯和穆斯林人民的偏见立场。同时也证明美国政府不是以正义和人权的逻辑，而是以弱肉强食的逻辑来对待这个国家的人民。
“这次侵略行为发生时正是纵火阿尔阿克萨清真寺罪行发生29周年之际，它是美国——犹太复国主义对我们阿拉伯伊斯兰国家的迫害。显而易见，这是美国总统克林顿企图掩饰自己的丑闻，故意转移民众的注意力。