在这种情况下，不仅乌克兰首府基辅有被占领的危险，而且西南方面军主力被包围的危险也进一步加剧了。为了保障西南方面军主力迅速撤至旧筑垒地域一线，确保基辅安全，第5、第6集团军以及机械化军对德军坦克第1集群的翼侧日托米尔北翼实施了强大的反突击，迫使德军放弃合围西南方面军主力和从行进中夺取基辅的企图。苏军第6、第26、第12集团军利用这段宝贵的时间，撤至别尔季切夫、赫美尔尼克、列基切夫一线；南方面军右翼也撤至卡缅涅茨—波多利斯基以南。至此，德军在西南方向推进了300—350公里。
苏德双方三个方向激战的最初日子里，从巴伦支海到芬兰湾没有发生激烈战斗。6月底开始，德军“挪威”集团军和芬兰的“卡累利阿”、“东南”集团军共21个师又3个旅对苏军第14集团军和第7集团军右翼发起攻击。战斗异常激烈。由于苏军预先有准备，最终挡住了德、芬军的进攻，打破了德军统帅部迅速占领摩尔曼斯克和破坏摩尔曼斯克铁路的计划。到7月中旬，德、芬军在向前推进了25—30公里后停止了进攻。
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17.转入战时体制(1)
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苏德战争爆发后，苏德战场成了第二次世界大战的主要战场。苏联政府为了尽快扭转被动局面，采取了一系列非常措施，将国家的军事、政治、经济等迅速转入战时轨道。
苏德战争爆发的当天，苏联总军事委员会对西部各边疆军区进行了改组。波罗的海特别军区、西部特别军区、墓辅特别军区分别被改组为西北方面军、西方面军和西南方面军；敖德萨军区改编为第9集团军。6月24日，列宁格勒军区改编成北方面军，并组建了新的南方面军，驻守普鲁特河一线。6月23日，根据联共(布)中央政治局的决议，成立了以国防人民委员铁木辛哥元帅为主席，有朱可夫、斯大林、莫洛托夫、布琼尼、伏罗希洛夫、库兹涅佐夫参加的统帅部大本营，负责领导全国的武装力量；总参谋部和国防人民委员部为其办事机关。统帅部大本营的建立，在指挥苏军作战方面发挥了一定作用，但由于担任主席的铁木辛哥并不具有决策权，凡事需得征求斯大林的意见后才能最终作出决定，因而常常延误战机，给一线部队的作战带来了许多不必要的损失。为了改变这种局面，6月30日联共(布)中央委员会、苏联最高苏维埃主席团和苏联人民委员会召开联席会议，决定成立以斯大林为主席，莫洛托夫为副主席，有伏罗希洛夫、马林科夫等参加的国防委员会。该委员会是仿效苏联国内战争时期由列宁领导的工农国防委员会建立的，它是苏联卫国战争时期拥有全权的特设最高国家机关，所有的党、政、军机关必须绝对执行它的一切决议。它领导国家所有部门和机关的活动，指导这些部门和机关尽力调动国家的一切物质、精神和军事力量战胜敌人；解决调整经济、动员国内人力资源满足前线和国民经济需要、为军队和工业部门培训预备队和干部、从受威胁地区后撤工业、确定工业部门提供军工产品的数量和时限等。为了检查决定和命令的执行情况，国防委员会在各边区、各州、各军事工业人民委员部、各主要企业和基建工程单位都派有代表。统帅部大本营是它对武装斗争实施战略领导的最高军事机构。国防委员会的建立，进一步统一了前线和后方的步调，有效地保障了党、国家、经济和军事机构之间的密切协同，保障了干部的配置和对武装斗争的集中领导。
7月10日，国防委员会将统帅部大本营改组为总统帅部大本营，由斯大林亲自担任主席。与此同时，为了改善对各方面军的指挥，建立了三个战略方向总指挥部，即西北方向总指挥部、西方向总指挥部和西南方向总指挥部，分别由伏罗希洛夫、铁木辛哥和布琼尼任司令。它们的主要任务是：对在该方向上行动的方面军和舰队实施战略领导，协调其行动，检查它们对大本营训令的执行情况，领导后勤工作。但是，各方向总指挥部本身并不掌握足以影响军事行动的预备队及物资器材，又缺乏足够的参谋人员和通信工具，而且没有最高统帅部的同意，不能采取任何大的行动，无法发挥所预想的作用，有时还把指挥程序复杂化了。因此，随着战线趋于稳定，各方面军司令部的工作不断改进，到1942年下半年，逐次撤销了战略方向总指挥部，各方面军和各独立集团军直接归最高统帅部指挥。
7月19日，斯大林被任命为苏联国防人民委员。8月8日，又被任命为苏联武装力量最高统帅。总统帅部大本营更名为最高统帅部大本营。最高统帅部大本营是对苏联武装力量的军事行动实行战略领导的最高机构，它的主要任务是：确定战略侦察任务，给总参谋部下达准备建议、制定战局计划和战役计划、组建战略集团和预备队、计划战役战略输送、发展战区指挥体系等；组织各军种战略集团间和战役军团间、游击队间的协同动作；协调苏联武装力量和盟国军队的行动；监督所赋予任务的执行过程；确定发展后方、建立物资储备和建立机动物资的措施等。经过改组，斯大林除担任联共(布)中央总书记外，同时又是苏联人民委员会主席、国防委员会主席、国防人民委员、苏联武装力量最高统帅，从而形成了在政治、军事和经济等方面的高度集中的领导，从根本上克服了战争开始时由于高级军事首长和国家最高领导人在指挥作战上职权不够明确所引起的混乱，大大提高了战略领导的效率。但是，肩负如此重大的职权，无疑超出了斯大林一人所能承受的能力。于是，最高统帅部借鉴第一次世界大战时某些最高统帅机关直接向主要作战地域派出代表的经验，向各个重要地段派出最高统帅部大本营代表，以大本营的名义行动。担任最高统帅部代表的都是具有军事素养的军事首长。他们对情况了如指掌，而且直接参与制定过当前战役的企图和计划。最高统帅要求他们对战役的实施情况负全部责任，并且授给他们以全权，可以就地解决在实现最高统帅的企图和决定中产生的问题。
在最高统帅部大本营建立的同时，国防人民委员部也进行了改组。总参谋部作为国防人民委员部中最重要的机关，被改组为最高统帅部指挥作战的主要工作机关，而且其职责也发生了变化。总参谋部隶属最高统帅，其职责是：根据大本营的决心，制定武装力量的使用计划以及组织实施战局和战略性战役的计划，组织战略集团之间的协同动作；与方面军和集团军保持联系；搜集、分析情报并向大本营报告结论、提出建议；拟制并向方面军、舰队发布最高统帅部的命令、训令和指示，同时组织监督其执行情况。免除了它原来担负的组建新的部队和兵团、为作战军队训练补充兵员、征集预备役军人服现役和领导军事院校等职责。这些职责概由1941年8月成立的苏军组建和补充总部担负。总参谋部经过改组，摆脱了许多极其繁杂的日常工作，变得更加精干、得力，对保证有效地发挥苏军战斗力起了很大的作用。国防委员会除对国防人民委员部原有机关进行改组外，又新设立了空降兵司令、火箭炮兵部队司令、工程兵主任和国土防空军司令之职；恢复了炮兵主任一职；建立了国土防空总部和防空歼击航空兵指挥处。为了改革军队和地方的通信体系，苏联把对通信的领导权都集中到了苏军通信总部手中，通信人民委员同时被任命为副国防人民委员兼总通信部长。各军兵种司令部的建立和改组，对改进战略领导起了促进作用。
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17.转入战时体制(2)
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斯大林早在1918年就明确指出：“军队没有巩固的后方就不能长久存在。要有巩固的前方，就必须使军队不断地从后方得到补充兵员、弹药和粮食。”战争爆发后，苏联政府则着手改善作战部队的后勤保障。1941年8月，国防委员会作出决定，组建苏军总后勤部和方面军、集团军后勤部，设立苏军后勤及方面军、集团军后勤部长职务，委任党的高级干部、著名的军事家、苏联副国防人民委员、军需勤务中将赫鲁廖夫兼苏军总后勤部长。接着，又设立了苏军空军、海军后勤部长的职务。对后勤部门实行的根本改革和集中指挥，很快在广阔的苏德战场的苏军防御作战中发挥了良好的作用。赫鲁廖夫在1942年4月给国防人民委员的一份报告中指出：“10月的实践证明，新组建的方面军和集团军后勤部是具有生命力的。他们完全没有辜负自己的使命。”
海军按照战前的规定，海军舰队和区舰队在作战上隶属于方面军司令员，协调一致地在滨海方向作战。海军人民委员部和海军总司令部只领导海军舰队在海战区的独立作战行动。
新的战争环境对政治工作提出更高的要求。为了适应新的形势，苏联人民委员会和联共(布)中央于1941年6月29日发布命令，提出了党的政治工作的新方针，并决定改组原来的政治机关和党组织以改变其活动的方式方法。7月16日，苏共中央政治局和苏联最高苏维埃主席团正式通过“改组政治宣传机构和在工农红军中实行军事委员制度”的决议。根据这一决议，红军总政治宣传部和海军总政治宣传部均改组为总政治部。